In de dorpskom ligt de driebeukige Sint-Gertrudiskerk, in baksteen (1848). Van de oorspronkelijke laatromaanse dorpskerk werd de vieringtravee dichtgemetseld en de achthoekige vieringtoren bewaard.

De Romaanse toren deed tijdens WO I dienst als uitkijktoren, de kerk als hospitaal. De toren is met zijn achthonderd jaar het oudste gebouw van Koekelare.

Het kerkje in Bovekerke wordt veel gebruikt voor huwelijken.

Het meubilair

kansel (middel 17e eeuw)

twee biechtstoelen (begin 18e eeuw) en classicistisch doksaal, met trofee van muziekinstrumenten (einde 18e eeuw)

Schilderijen uit de 17e en 18e eeuw, onder andere :

"Kruisafneming" en "Geseling van Jezus" (Vlaamse school, 17e eeuw)
"Legende van de ridder" (uit leven van Sint-Gertrudis)
"Tenhemelopneming van Maria" (Vlaamse School, 18e eeuw)

Altaarstuk "Onze-Lieve-Vrouw van de Rozenkrans" (1858) door Hendrik Dobbelaere (Brugge, 1829-1885).

Beeld van Sint-Gertrudis van Nijvel (18e eeuw) die er vereerd wordt tegen ratten en muizen (vandaar wordt Bovekerke soms "rattenparochie" geheten).

In de kerk staan vanaf 10 september 2000 een maquette en een plattegrond van de vroegere kruiskerk tentoon. Deze werden gemaakt door tekenaar Franky Wyffels van het Instituut voor het Archeologisch Patrimonium (IAP).

Het kerkhof

Het kerkhof van Bovekerke ligt uitzonderlijk nog om de kerk.